Riesenproblem mit biber

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19-01-2014, 11:05
querulant

Riesenproblem mit biber

Hallo!
Hab neulich den Rechner neu aufgesetzt und ich bekomme biber nicht mehr zum laufen. Betriebssystem ist Sabayon 14.01. Über dessen Paketmanager ließ sich ansonsten alles (TexLive 2013, JabRef, Texmaker, usw.) problemlos installieren.
Biber hätte ich nun gern - wie auch schon bei der alten Installation - gezwungenermaßen selbst manuell installiert. Dabei ging ich folgendermaßen vor: Download der neuesten 64Bit Version von biber, entpacken und die Binary auf /usr/bin/biber verschieben. "which biber" findet biber ohne Probleme. /usr/bin hab ich gewählt weil dort auch standardmäßig der Befehl "latex" liegt. Weiters hab ich das ganze natürlich auf ausführbar gesetzt.
Bei der alten Installation hat ab da eigentlich alles problemlos geklappt aber dieses mal passiert beim Aufruf von biber gar nix. Es gibt nicht einmal eine Fehlermeldung (siehe Screenshots). Beispielsweise bringt der Befehl "latex" eine Fehlermeldung wenn ich bewusst eine nicht existierende Datei abrufe, bei biber passiert leider überhaupt nix. Ich habs mit und ohne sudo versucht, mit und ohne dem Pfad und bin mit meinem Rat am Ende.

https://dl.dropboxusercontent.com/u/.../Unbenannt.png
https://dl.dropboxusercontent.com/u/...Unbenannt1.png

Falls wer was weiß bzw. wir das möglichst bald zum Laufen bekommen wär ich echt extrem froh. Besten Dank!

P.S.: Kann es sein dass irgendwelche Abhängigkeiten nicht erfüllt sind?
20-01-2014, 07:57
rais

Zitat:

Zitat von querulant

Hab neulich den Rechner neu aufgesetzt und ich bekomme biber nicht mehr zum laufen. Betriebssystem ist Sabayon 14.01. Über dessen Paketmanager ließ sich ansonsten alles (TexLive 2013, JabRef, Texmaker, usw.) problemlos installieren.
Biber hätte ich nun gern - wie auch schon bei der alten Installation - gezwungenermaßen selbst manuell installiert.

TeXLive kommt eigentlich mit einem eigenem Paketmanager, tlmgr, daher.
Biber gehört dort zur Sammlung `collection-bibtexextra' -- wie biblatex auch.

Zitat:

Zitat von querulant

Dabei ging ich folgendermaßen vor: Download der neuesten 64Bit Version von biber, entpacken und die Binary auf /usr/bin/biber verschieben. "which biber" findet biber ohne Probleme. /usr/bin hab ich gewählt weil dort auch standardmäßig der Befehl "latex" liegt. Weiters hab ich das ganze natürlich auf ausführbar gesetzt.

tipp mal

Code:

ls -l `which biber`

wie gross ist die Datei bei Dir?
Und wenn Du sie öffnest (less), was passiert?

MfG
21-01-2014, 00:22
querulant

~ $ ls -l `which biber`
-rwxr-xr-x 1 root root 19867047 21. Jan 01:15 /usr/bin/biber

Dateigröße von biber: ca. 19,9 MB

bibtexextras ist installiert - dennoch kein biber. musste biber wie gesagt manuell herunterladen und unter /usr/bin abspeichern.

Hab zwischenzeitlich die komplette Texlive Installation des Paketmanagers gelöscht und manuell Installiert (gibt da so ein Script http://www.tug.org/texlive/quickinstall.html). Leider hat dies auch nix gebracht, also biber verweigerte den Dienst.
Das arge ist ja das nichts passiert, kein "Befehl nicht gefunden" (das kann man ja ausschließen) aber vor allem keine Fehlermeldung aber eben auch nicht das was z.B.: "biber --version" ausgeben sollte. Zum Verzweifeln.

less gibt 287 Zeilen aus - keine Ahnung wie die zu interpretieren sind. Auf was muss ich da achten? Will damit nicht das Forum zumüllen.
21-01-2014, 06:24
rais

Zitat:

Zitat von querulant

~ $ ls -l `which biber`
-rwxr-xr-x 1 root root 19867047 21. Jan 01:15 /usr/bin/biber

mein biber ist genau so gross. Allerdings hab ich noch einen älteren Kern (2.6)

Zitat:

Zitat von querulant

less gibt 287 Zeilen aus - keine Ahnung wie die zu interpretieren sind. Auf was muss ich da achten? Will damit nicht das Forum zumüllen.

erstmal nur auf die Warnung, bevor die Datei überhaupt geöffnet wird.
Zeilen sind es bei mir 104476. Da die Datei im Binärformat vorliegt, kann es bereits an den unterschiedlichen Kernen liegen, hmm.
Was sagt

Code:

strings `which biber` | grep -c -i perl

?
oder vllt noch besser

Zitat:

Zitat von querulant

Hab zwischenzeitlich die komplette Texlive Installation des Paketmanagers gelöscht und manuell Installiert (gibt da so ein Script http://www.tug.org/texlive/quickinstall.html). Leider hat dies auch nix gebracht, also biber verweigerte den Dienst.

dann hast Du jetzt tlmgr? Was sagt

Code:

tlmgr show biber

?
Wenn da unter `installed' Yes angegeben ist, dann hast Du (auch) biber vom installierten TL. Kann natürlich sein, dass Dein gefundenes biber (brauchtest Du das Teil nicht zu kompilieren? Hast Du es für Deinen Kernel?) vor der TL-Version vo System gefunden wird.
Schau mal im TL Installationspfad nach biber bzw. (Pfad musst Du an Dein TL ggf. anpassen)

Code:

/usr/local/texlive/2013/bin/x86_64-linux/biber --version

MfG
21-01-2014, 07:54
querulant

~ $ strings `which biber` | grep -c -i perl
3552

Habe zwischenzeitlich wieder die via Script installierte Version entfernt (/usr/local/texlive) und via Paketmanager installiert.

tlmgr wird nicht gefunden - ist vermutlich auch egal.

Geb ich den ganzen Pfad zu biber beim Befehlsaufruf an ändert dies leider auch nix. Sudo bringt ebenfalls nix.

~ $ /usr/bin/biber --version
~ $ sudo /usr/bin/biber --version
~ $

Eins scheint dennoch bei jedem Aufruf von biber im Hintergrund was zu geschehen: es werden im Ordner /tmp/par-6461766964/cache-109396a1c504bff74518ed78dd32b123e9ef7c31/ zwei Dateien angelegt: biber und libperl.so.5.10.0
26-01-2014, 15:45
rais

Zitat:

Zitat von querulant

~ $ strings `which biber` | grep -c -i perl
3552

das ist bei mir auch so.

Zitat:

Zitat von querulant

Habe zwischenzeitlich wieder die via Script installierte Version entfernt (/usr/local/texlive) und via Paketmanager installiert.

Schade. Es wäre immerhin denkbar, dass sich die TL-eigene Biberversion anders verhält.

Zitat:

Zitat von querulant

Eins scheint dennoch bei jedem Aufruf von biber im Hintergrund was zu geschehen: es werden im Ordner /tmp/par-6461766964/cache-109396a1c504bff74518ed78dd32b123e9ef7c31/ zwei Dateien angelegt: biber und libperl.so.5.10.0

Du hast nicht zufällig den ersten Biber-Aufruf abgebrochen?
Was Du versuchen könntest:
den cache-Ordner löschen,
Dich davon zu überzeugen, dass Du in dem /tmp/par-6461766964-Ordner Schreibrechte hast und erneut
biber --version
aufrufen (dauert ne Weile)
Dabei sollte dieser cache-Ordner erneut angelegt werden mit in etwa

Code:

016c0cdc.pm 3fae49f0.pm 78bfcd2a.pm b5115a4a.pm dbc91982.pl 0326c9b5.so 403d4695.pm 82293ca7.pm b71fe344.pm dfe334cf.pm 04246ee1.pm 409ac41a.so 8246f8bb.pm b76097c7.pm e2cb09fe.so 044d1ff5.pm 4266afff.pm 87049bda.pm bb17e6cf.so e303995d.so 0473552e.pm 444008f7.pm 8bbc7ffb.pm bba3dbde.pm e4b1b86f.pm 054aac5a.pm 47230e79.pm 8df50412.pm bcf5b6c4.pm e52acd00.pm 061b8a1c.pm 48c733dd.pm 8ee33a14.pm bd93c619.so eb02d0a0.pm 089829ce.pm 4a50329b.pm 8f897119.pm biber ef9f7afa.pm 0e140524.pm 4a85700a.pm 93bf63e8.so c2f1f856.pm f0bb6174.so 10f37646.pm 52892741.pm 963a294d.pm c33fbebe.pm f4cd6699.pm 112aea22.pm 563b8660.pm 9a3a3678.so c3cb64a0.pm f77f619c.pm 1752f0ce.pm 5754bc22.pm 9e991ca2.pm c4f1f2ff.so f9c3e1fe.pm 19ceb2ea.pm 5a0c9698.pm a0326d05.so c682a530.so fa670e92.pm 21dee19d.pm 5c0c76e1.pm a0c659a5.pm ce0fe7c9.pm fbe58107.pl 23084dd3.pm 620ce78b.so a19207b2.pm ced4a863.pm inc 25b477ad.pm 6384eef3.pm a36d27cf.pm d052051f.pm libbtparse.so 2ad1a315.so 64e256fa.pm a6ab285d.so d1177cd5.pm libcrypto.so.1.0.0 2d698ef6.so 6ae61270.pm a8da239b.so d15d9c9d.pm libexslt.so.0 2f8bc7e7.pm 6f859cd3.pm a9cc7dc8.so d28b6e42.pm libperl.so.5.10.0 30cb17eb.so 6f97a9eb.so aae07b23.pm d2f1e54f.pm libssl.so.1.0.0 30d1204d.so 72ef6dff.pm ac2abdf4.so d4a55cf0.pm libxml2.so.2 35674bfb.so 73546261.pm ac30d099.pm d5983ac8.so libxslt.so.1 3c2d0174.pm 73f4ee40.pm b45cd416.pm d5cdc7d8.pm libz.so.1

als Inhalt.
Wenn wieder nur zwei Dateien angelegt werden und keine Ausgabe beim biber-Aufruf erfolgt, wende Dich besser an die Sabayon-Gemeinde.

MfG
26-01-2014, 17:24
querulant

nein, abgebrochen hab ich nix.
wenn ich biber --version via sudo aufrufe ändert dies nix außer dass ein anderer tmp unterordner angelegt wird (par-'irgendwas').
besten dank für die liste! da bei mir da bei jedem aufruf von biber immer nur zwei files angelegt werden, scheint irgendwas dafür zu sorgen das mittendrin abgebrochen wird. könnten es fehlende pakete/abhängigkeiten sein?
an sabayon hab ich neulich eine email geschrieben - keine antwort. werds mal auch in deren forum probieren.