Zum Nachvollziehen deines Problems ist es unerheblich, auf welche Art du dein Beispiel erzeugst oder in Projekten verwaltest. Entscheidend ist, dass der Code a) lauffähig b) klein ist und c) dein Problem demonstriert. Stark vereinfacht sollte er so aussehen:

Code:
\documentclass{GeeigneteKlasse}

\usepackage{RelevantesPaketA}
\usepackage[RelevanteOptionen]{RelevantesPaketB}

\renewcommand{\Befehlsname}{\NeueBefehlsdefinition}

\usepackage{filecontents}% Zum "Mitverpacken" von Zusatzdateien (z.B. .bib)

\begin{filecontents}{RelevanteZusatzdatei.Dateiendung}
Inhalt der relevanten Zusatzdatei
\end{filecontents}

\begin{document}

Inhalt der Hauptdatei

\end{document}
lockstep