my.cnf wird ignoriert

[undefined]

!!!!! VORSICHT !!!!!
Mit der my.cnf zu Arbeiten ist eine Gefährliche Angelegenheit!
MySQL macht keinen Unterschied von wo ein USER auf die Datenbank zugreifen will!
Im klartext - Ein offener SQL Port macht es Angreifern leicht wenn er den Benutzer Namen errät. Die my.cnf macht bei falscher Konfiguration keinen Unterschied ob die Anfrage Lokal oder aus dem Netz kommt!
Du solltest also Unbedingt testen ob ein Zugriff von außen gesperrt ist!

Zu deiner Frage...
1) Berechtigungen müssen stimmen chmod 0600 ~/.my.cnf
2 ) Beispiel

## Die Gruppen Definition ist gleich Programm das Anfragt!
[mysql]
host=localhost
user=muster
password=456sfdasvv125xa654
database=mydatabase
connect_timeout=2

PS: Als Benutzer root die my.cnf zu verwenden ist ein absolutes nogo