colorlinks ist das Gegenteil der Boxen, damit deaktivierst du sie.
Du kannst die Boxen beliebig modifizieren, z.B. blau setzen
Code:
\documentclass{scrreprt}
\usepackage[ngerman]{babel}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[ansinew]{inputenc}

\usepackage{blindtext}
\usepackage{xcolor}
\usepackage[linkbordercolor=blue]{hyperref}

\begin{document}

\tableofcontents

\blinddocument

\end{document}
Für alles weitere würde ich die die hyperref-Doku sehr empfehlen, man kann mit dem Paket nämlich alle möglichen Spielereien machen (ob sinnvoll oder nicht).

Ich nehme fürs Schreiben colorlinks, damit ich sehe, wo ich Glossareinträge, Literaturverweise, URLs und normale Links gesetzt habe, das zeigt es dann schön bunt an.
Für die Endversion werde ich das aber wohl deaktivieren oder auf nur eine Linkfarbe setzen, da es den Leser eher verwirrt.