pdfTeX bettet nur die Glyphs aus den Fonts ein, die es selbst verwendet aber nicht die Fonts, die in einem eingebetteten PDF verwendet werden. Du solltest daher Mathematica anweisen, die Fonts mit einzubetten oder beispielsweise mit einer Acrobat-Vollversion die Fonts nachträglich in die entsprechenden PDFs einbetten. AFAIK kann man das auch mit Ghostscript erledigen.