Package installieren für chemische Formeln

[axeljaeger]

Ich muss eine Arbeit mit vielen chemischen Formeln schreiben, die auch nach was aussehen soll. Für letzteres hab ich gleich an Latex gedacht, für ersteres dachte ich mir, wird es sicher eine Lösung geben. Mit Hilfe der Boardsuche habe ich Ochem gefunden, dass es hier runterzuladen gibt:
http://www.2k-software.de/ingo/ochem.html
Das Paket dort habe ich heruntergeladen, das Installskript wollte aber nicht. Ich hab dann mal weiter bei Dante geschaut und neben Ochem noch weitere Pakete auf dem FTP-Server gefunden, um chemische Formeln zu setzen.
Das z.B: ftp://ftp.dante.de/tex-archive/macros/latex/contrib/chemsym/
Beide Pakete setzen das Wissen vorraus, überhaupt ein Latexpaket zu installieren, das ich nicht habe. Hat schonmal jemand eines der beiden Pakete oder überhaupt ein Latexpaket installiert? Ich hoffe und denke doch schon. Oder gibt es vielleicht noch eine bessere Lösung, chemische Formeln zu setzen, mit WYSIWYG-Editor und hinten kommt EPS raus?

[blubb]

Fang mal mit der FAQ an:
5.1.3 Was kann ich mit einer Datei mit Endung ,.dtx` anfangen? Benötige ich dazu auf alle Fälle LaTeX?
http://www.dante.de/faq/de-tex-faq/html/makros1.html#5

5.1.4 Wie installiert man am besten ein neues Paket, eine neue Klasse oder eine neue Schrift in einem bestehenden TeX-System?
http://www.dante.de/faq/de-tex-faq/html/makros1.html#7

Eine Schritt zu Schritt-Erklärung kenne ich ad hoc auch keine.


FAQ 8.3 Chemischer Struktur- und Formelsatz
http://www.dante.de/faq/de-tex-faq/html/makros4.html#42
hast du vermutlich schon gelesen.

[axeljaeger]

OK, Ratschläge befolgt und Doku gelesen. Ich hab drei verschiedene Formelpackages installiert, jetzt muss ich nur noch diese anmelden oder registrieren oder wie auch immer. Dazu empfiehlt die FAQ mktexlsr. Das habe ich probiert und bekomme folgenden Output:

axeljaeger@tecton:/usr/share/texmf> mktexlsr
warning: kpathsea: No usable entries in /usr/local/share/texmf/ls-R.
warning: kpathsea: See the manual for how to generate ls-R.
mktexlsr: '/usr/local/share/texmf/ls-R' world writable but '/usr/local/share/texmf' not sticky. Skipping...
mktexlsr: Updating /var/lib/texmf/ls-R...
mktexlsr: Updating /var/lib/texmf/db/ls-R...
mktexlsr: Updating /var/cache/fonts/ls-R...
mktexlsr: Done.
axeljaeger@tecton:/usr/share/texmf>

Das stört micht, weil ich grad in /usr/local/share/texmf in drei Unterverzeichnisse was installiert hab. In welchem Manual soll was zu ls-R stehen?

[blubb]

In welchem Manual soll was zu ls-R stehen?
Local Installation Guide oder so.

Welches TeX, bzw. welche Verteilung hast du installiert? (Sprich TeXlive, fptex... Welches Betriebssystem...)

Einfach mal ein Paket laden und schauen was passiert hast du schon gemacht?

/usr/local/share/texmf/ls-R sollte eine Datei sein.
Kannst du die mal ansehen und einfach nach den Namen der neu installierten Pakete suchen?
Wenn Sie drin sind, sollte alles ok sein.

Ansonsten kann ich dir ab jetzt nicht weiterhefen, ich hab mit Linux kaum Erahrung (und die Pfadnamen sprechen für Linux).

Ein Hinweis noch:
mktelsr will die datei ls-R aktualisieren, also überschreiben, ergo musst du zum Zeitpunkt das Programmstarts auch die Schreibberechtigung für das Verzeichnis haben.

Und noch ein Hinweis: Such mal bei Google nach
"No usable entries" texmf
Da kommen einige Threads, wo das schon Thema war.

Blubb

[axeljaeger]

Local Installation Guide oder so.

Welches TeX, bzw. welche Verteilung hast du installiert? (Sprich TeXlive, fptex... Welches Betriebssystem...)

tetex, SuSE Linux 9.1

/usr/local/share/texmf/ls-R gibt es, die Datei ist allerdings leer und ich habe sie nicht angelegt. Ich hab das Verzeichnis auf 777 gesetzt, weil ich als user da reinschreiben will, deswegen hat der Prozess Schreibrechte.

[hippienw]

Oder gibt es vielleicht noch eine bessere Lösung, chemische Formeln zu setzen, mit WYSIWYG-Editor und hinten kommt EPS raus?

Strukturformeln mit LaTeX zu setzen ist IMHO eher was für Masochisten, gerade wenn es um größere oder komplizierte Moleküle geht.

Ich verwende ChemDraw, ein sehr komfortables und mächtiges Programm, das ist allerdings auf Mac oder Win beschränkt...

Es gibt aber auch eine Reihe an unix basierten Programmen, z.B.
http://zirael.org/bkchem/index.html
oder
http://jchempaint.sourceforge.net/index.html
oder
http://ruby.chemie.uni-freiburg.de/~martin/chemtool/
Mit denen habe ich aber keine Erfahrung.

Ansonsten Google fragen, gerade im Bereich Chemoinformatik/Molecular Modelling gibt es Unmengen an Open Source und Freeware Programmen für unix.

Gruß,
Philipp

[axeljaeger]

Strukturformeln mit LaTeX zu setzen ist IMHO eher was für Masochisten, gerade wenn es um größere oder komplizierte Moleküle geht.

Konkret geht es um die Glycolyse, ein paar Polymere und Dreiringsysteme. Es sollen nicht nur Strukturen, sondern auch Reaktionen gesetzt werden.



Ich verwende ChemDraw, ein sehr komfortables und mächtiges Programm, das ist allerdings auf Mac oder Win beschränkt...

Ein Grund mehr, einen Mac zu kaufen, wobei ich zur Not auch Windows benutzen kann.



Es gibt aber auch eine Reihe an unix basierten Programmen, z.B.
http://zirael.org/bkchem/index.html
oder
http://jchempaint.sourceforge.net/index.html
oder
http://ruby.chemie.uni-freiburg.de/~martin/chemtool/
Mit denen habe ich aber keine Erfahrung.


Na da wird doch sicher was brauchbares dabei sein, wobei ich JChemPaint schon ausprobiert hab und das damals eher wenig ausgereift war.

[hippienw]

Konkret geht es um die Glycolyse, ein paar Polymere und Dreiringsysteme. Es sollen nicht nur Strukturen, sondern auch Reaktionen gesetzt werden.

Für Zucker, gerade wenn du Polysaccharride machst, würde ich auf jedenfall einen WYSIWYG-Editor nehmen. Das ist allemal angenehmer.


wobei ich JChemPaint schon ausprobiert hab und das damals eher wenig ausgereift war.

Das ist - unabhängig vom Betriebssystem - leider ein häufiges Problem von Freeware.

[axeljaeger]

Alle drei haben Macken: Das Pythonteil bekomme ich nicht installiert und das Gtk-Teil ist umständlichst zu bedienen. Es wird wohl auf chemsketch@windows hinauslaufen.

[hippienw]

Kannst du das nicht auch unter WINE laufen lassen?

chemsketch hat allerdings afaik keinen EPS-Export. ISIS-Draw hat zwar nominell einen, der funktioniert aber nicht...
Du wirst also auch so einen Umweg (Export als GIF o.ä., dann GIF -> EPS) über ein Graphikprogramm machen müssen.
ChemDraw hat einen klasse EPS-Export, ist aber keine Freeware.

[axeljaeger]

Sicher, dass ChemSketch keinen EPS-Export hat? Woher beziehst du ChemDraw?

[hippienw]

Sicher, dass ChemSketch keinen EPS-Export hat?
Ich habe Verion 5.12, die hat keinen.

Woher beziehst du ChemDraw?
www.camsoft.com
Die Ltd-Version gibts schon ab 50$ für Studenten.