Protein/Nukleinsäuresequenzen annotieren

[Sal]

Hallo,

ich habe ein sehr spezielles Problem und hoffe, dass sich jemand damit auskennt oder versteht, was ich beschreibe:

Ich möchte Nukleinsäuresequenzen mit Primersequenzen annotieren. Gibt es dafür ein Tool, das einem die Arbeit erleichtert? Texshade bringt mich nicht weiter.
Prinzipiell benötige ich einfach einen Bereich innerhalb meines Dokumentes, in dem es keine Einzüge gibt. Außerdem müssen alle Zeichen die gleiche Breite einnehmen, damit es möglich ist, orthogonal ausgerichtete Zeichenketten zu bekommen. Ich dachte, dass dies mit \texttt{} möglich wäre, aber das funktioniert nicht (||| ist schmaler als GGG). Hat jemand mein Problem verstanden und kann mir helfen?

Danke

[René Geppert]

also bei mir ist ||| nicht schmaler als GGG mit texttt{}
http://img16.myimg.de/test9271e.jpg
du musst natürlich unterscheiden, ob die Zeichen gleichbreit sind oder ob der Raum, den ein Zeichen, samt vor- und nachgestelltem Leerraum, gleich groß sein soll

ansonsten hilft es dir vll. weiter die Zwischenräume anzupassen, je nachdem wie das endprodukt aussehen soll (aber das ist sicherlich nervige frickelarbeit)
http://img16.myimg.de/testa08f2.jpg

und um sachen orthogonal auszurichten, kannst du array, eqnarray oder auch tabbing benutzen

[cookie170]

Hallo,

"annotieren" -- ? Hilft Dir keines der Pakete hier: http://texcatalogue.sarovar.org/bytopic.html#biology
weiter?

Gruß,
Alexander

[hakaze]

"annotieren" -- ? Hilft Dir keines der Pakete hier: http://texcatalogue.sarovar.org/bytopic.html#biology
weiter?


Genau! Ich denke texshade (http://texcatalogue.sarovar.org/entries/texshade.html) ist genau das Paket für deine Zwecke.

[Sal]

Danke zunächst mal für die Antworten.

Es stimmt, die Zeichen sind gleich breit bei \texttt{}. Das pProblem ist, dass ich manchmal eine Zeile mit Buchstaben habe. In der nächsten Zeile stehen dann einige "|||". Diese fangen aber normalerweise nicht vorne in der Zeile an, sondern erst an der z.b. 17. Position. Ich habe probiert, das ganze mit Leerzeichen zu lösen, das geht natürlich nicht. Dann habe ich \hspace{17em} probiert. Dann werden die Pipes verschoben aber viel zu weit. Die konkrete Frage ist also, wie ich genau 17 leerzeichen einfügen kann.

Tas Texshade-Paket finde ich auch Spitze, wenn es um Alignments geht. Das Problem ist aber, dass jede einzelne Sequenz über das ganze Alignment hinweg ihre Zeile hat. Wenn ich also eine 2500 nt lange Sequenz habe und da 6 Primer einzeichne, dann werden mit jeder Zeile des Alignments sieben Zeilen gesetzt, obwohl meistens nur eine nötig ist. Das macht das ganze sehr unübersichtlich. Wenn Du mir sagen kannst, ob und wie man in Texshade die Anzeige der Sequenz, beziehungsweise des Sequenznamens auf den Bereich beschränken kann, in dem tatsächlich auch Sequenz vorliegt, wäre das natürlich genial!

[Sal]

Hallo,

ich werde bis auf Weiteres die verbatim Ungebung verwenden und diese Thread trotzdem im Auge behalten.

Vielen Dank

[hakaze]

Tas Texshade-Paket finde ich auch Spitze, wenn es um Alignments geht. Das Problem ist aber, dass jede einzelne Sequenz über das ganze Alignment hinweg ihre Zeile hat. Wenn ich also eine 2500 nt lange Sequenz habe und da 6 Primer einzeichne, dann werden mit jeder Zeile des Alignments sieben Zeilen gesetzt, obwohl meistens nur eine nötig ist. Das macht das ganze sehr unübersichtlich. Wenn Du mir sagen kannst, ob und wie man in Texshade die Anzeige der Sequenz, beziehungsweise des Sequenznamens auf den Bereich beschränken kann, in dem tatsächlich auch Sequenz vorliegt, wäre das natürlich genial!

Wenn ich die TeXshade-Anleitung richtig lese ;) , dann macht der Befehl \hideblock genau das (punkt 4.6.3, Seite 59). Alternativ kannst du doch die Alignment-Datei(en) per Hand einkürzen. Der Aufwand sollte nicht größer sein als der Versuch, alle Sequenzen per Copy-Paste und \textttt (o.ä.) zu setzen.