Blocksatz funktioniert nicht

[Viviane]

An für sich texe ich schon länger, aber dieses Problem hatte ich noch nie:

Mein Dokument ist...naja....vereinzelte Zeilen sind einfach zu lang.
Also, gleich mehrere Zeichen zu lang.

Ich habe nGerman Babel eingebunden und ja, ich habe mehrfach kompiliert.


Was braucht Ihr, um eventuell den Fehler zu sehen?

Da es ja zufällige Zeilen sind, wird das mit dem Minimalbeispiel schwierig.

[u_fischer]

Da es ja zufällige Zeilen sind, wird das mit dem Minimalbeispiel schwierig.

Schwierig oder nicht, du wirst eins liefern müssen.

Aber normalerweise solltest es nicht schwierig sein: Du musst ja nur den betroffenen Absatz kopieren.

[Viviane]

Das wäre das gesamte Dokument denn das Problem tritt ja NUR in genau der kombination von Zeichen auf.
aber bitte:











\documentclass[a4paper,10pt]{article}
\parindent0em
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{amsfonts,amsmath,amssymb}
\usepackage[ngerman]{babel} %Auskommentieren, wenn englisch!
\usepackage{t1enc}
\usepackage{url}
\usepackage{times}
\usepackage{textcomp}


\ifx\pdfoutput\undefined
\usepackage{graphicx}
\usepackage{hyperref}
\else
\usepackage[pdftex]{graphicx}
\DeclareGraphicsExtensions{.pdf,.png,.jpg}
\usepackage{epstopdf}
\usepackage[pdftex,pdfpagelabels,pageanchor=false]{hyperref}
\hypersetup{
a4paper,
colorlinks,
citecolor=black,
linkcolor=black,
filecolor=black,
anchorcolor=black,
urlcolor=blue}
\fi

% Definition eines Kommandos zur Angabe, wer einen Abschnitt geschrieben hat.
\newcommand{\parauthor}[1]{\marginpar{\begin{center}#1\end{center}}}

% Informationen f"ur den Titel.
% Wird sp"ater mit \maketitle erzeugt.
\author{Hello world}
\title{Projektmodul}
\date{05.04.2007}
\setcounter{tocdepth}{4}
\setcounter{secnumdepth}{4}

% Hier f"angt das eigentliche Dokument an.
\begin{document}
\maketitle
\newpage
\tableofcontents
\newpage


\section {Einleitung}
Der Triosephosphattranslocator(TPT) in Arabidopsis thaliana transportiert Triosephosphate vom Stroma ins Cytosol, wo sie dann zur Zuckerherstellung verwendet werden. Mit tpt2 oder auch SALK\_073707.54.25.x wird eine Mutante bezeichnet, die in dem Gen, das f"ur diesen Translokator kodiert, eine T-DNA-Insertion enth"alt\footnote{http://arabidopsis.org am 28.10.2012, 16:06}. Der Translokator wird demnach nicht exprimiert.
Man w"urde erwarten, da"ss dadurch der Transport durch die TPT gehemmt ist. Durch eine zu hohe Ansammlung von noch nicht fertigen, aber bereits phosphoryllierten Proteinen im Chloroplasten wird die Synthese von ATP behindert, was die $CO_{2}$-Fixierung erschwert\footnote{Walters, Robin G., Ibrahim. Douglas G., Horton, Peter und Kruger, Nicholas J: "A Mutant of Arabidopsis Lacking the Triose-Phosphate/Phosphate Translocator Reveals Metabolic Regulation of Starch Breakdown in the Ligt" IN: "Plant Physiology", Juni 2004, von: American Society of Plant Biologists, Seite 891.}
F"ur dieses Praktikum stellte sich daher die Frage ob und wie eine Mutation in diesem Gen sich auf den Stoffwechsel der Pflanze auswirkt, insbesondere auf Photosynthese und Proteinherstellung.
Dieselben Fragen waren zu beantworten f"ur Pflanzen, die eine Insertion im Akin10-Gen haben, wobei hier zudem noch gepr"uft werden mu"ss, ob die Insertion "uberhaupt vorhanden ist.
Zun"achst wurde bei den Akin10-Mutanten durch KO-PCR "uberpr"uft, ob im entsprechenden Gen "uberhaupt eine Insertion vorlag. Danach mu"sste noch bestimmt werden, ob trotz dieser Insertion das Akin10-Gen noch exprimiert wird, etwa, weil die Insertion zu weit hinten im Gen liegt. Dazu wurde sowohl von Wildtyppflanzen als auch von Akin10-Mutanten RNA isoliert und in cDNA umgeschrieben. Nachdem mittels Aktinangleich beider Proben das Mengenverh"altnis bestimmt worden war, das n"otig ist, um in 2 Proben mit identischem Volumen auch gleich viel cDNA zu haben, wurde dann eine RT-PCR durchgef"uhrt, um die Expre"ssionsrate des Akin-Gens zu bestimmen.\\
Um Auswirkungen auf Photosynthese und Proteinherstellung zu me"ssen, wurden mehrere Pflanzen f"ur eine Stunde unter Lichtstre"ss gesetzt. Sowohl f"ur die Mutanten (Akin10 und tpt) als auch f"ur die Wildtyppflanzen gab es Kontrollpflanzen, die nicht unter Stre"ss standen. Von beiden wurde nach einer Stunde Pflanzenmaterial entnommen und sowohl der Protein - als auch der Chlorophyllgehalt geme"ssen. F"ur die Wildtyppflanzen fand zus"atzlich eine Me"ssung nach drei"ssig Minuten statt.
\end{document}

[rstuby]

Wo soll LaTeX denn auch bitteschön das Wort Akin10 trennen? Wenn es aber davor umbricht, gibt es hässlich große Wortabstände. In solchen Fällen hilft, so weit ich weiß, nur Umformulieren oder mit \sloppypar für diesen Absatz hässliche Abstände erlauben.

[Viviane]

Wenn das stimmen würde, dann wäre Latex schlechter als word und DAS kann ich mir beim besten Willen nicht vorstellen.
Sowohl Word als auch Office schaffen das nämlich ohne Probleme.

Was er nicht trennt, obwohl er sollte, ist im Übrigen das Wort mehrere.

[rstuby]

UPD: In diesem Fall hilft das Einbinden von \usepackage{microtype}. Das verbessert die Berechnung von Abständen und Randausgleich.

Vielleicht sind andere "Schuldige" Wörter mit Bindestrich? Da darf nach LaTeX-Regeln NUR am Bindestrich getrennt werden, was für Englisch richtig, für Deutsch aber problematisch ist. Das kann man ändern, indem man den Bindestrich nicht durch ein Minuszeichen, sondern durch "= codiert oder indem man mit \- weitere mögliche Trennstellen im Wort angibt.

[rstuby]

Sowohl Word als auch Office machen riesige weiße Wortabstände und melden nicht einmal, dass da etwas nicht OK ist. LaTeX gibt hier eine overfull \hbox-Meldung heraus und wenn es die Wörter zu weit auseinander ziehen muss, eine underfull \hbox-Meldung.

[Viviane]

Vielen Dank, das Ersetzen von Bindestrichen hat zwar nix geholfen, micotype hat es aber wirklich gerettet. Ich bedanke mich.

[Viviane]

Nochmal zu Word:

Naja, die riesigen weißen Wortabstände werden aber meistens anstandslos von jedem Dozenten, der nicht aus der Informatik oder Physik kommt, akzeptiert - die Latexlösung mit zu langen Zeilen leider nicht.

[localghost]

Man kann so einiges benutzen, um die Silbentrennung (http://de.wikibooks.org/wiki/LaTeX-W%C3%B6rterbuch:_Silbentrennung) zu steuern. Wenn ich folgendes bearbeite, bekomme ich keinerlei Warnungen.

\documentclass[
fontsize=10pt,
parskip=half,
titlepage=on,
ngerman
]{scrartcl}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{selinput}
\SelectInputMappings{
adieresis={ä},
germandbls={ß},
Euro={€}
}
\usepackage{babel}
\usepackage[version=3]{mhchem}

% Informationen für den Titel.
% Wird später mit \maketitle erzeugt.
\author{Hello world}
\title{Projektmodul}
\date{05.04.2007}
\setcounter{tocdepth}{4}
\setcounter{secnumdepth}{4}

% Hier fängt das eigentliche Dokument an.
\begin{document}
\maketitle

\tableofcontents
\newpage


\section {Einleitung}
Der Triosephosphattranslocator(TPT) in Arabidopsis thaliana transportiert Triosephosphate vom Stroma ins Cytosol, wo sie dann zur Zuckerherstellung verwendet werden. Mit tpt2 oder auch SALK\_073707.54.25.x wird eine Mutante bezeichnet, die in dem Gen, das für diesen Translokator kodiert, eine T-DNA-Insertion enth"alt\footnote{http://arabidopsis.org am 28.10.2012, 16:06}. Der Translokator wird demnach nicht exprimiert.

Man würde erwarten, dass dadurch der Transport durch die TPT gehemmt ist. Durch eine zu hohe Ansammlung von noch nicht fertigen, aber bereits phosphoryllierten Proteinen im Chloroplasten wird die Synthese von ATP behindert, was die \ce{CO2}"=Fixierung erschwert\footnote{Walters, Robin G., Ibrahim. Douglas G., Horton, Peter und Kruger, Nicholas J: "A Mutant of Arabidopsis Lacking the Triose-Phosphate/Phosphate Translocator Reveals Metabolic Regulation of Starch Breakdown in the Ligt" IN: "Plant Physiology", Juni 2004, von: American Society of Plant Biologists, Seite 891.}

Für dieses Praktikum stellte sich daher die Frage, ob und wie eine Mutation in diesem Gen sich auf den Stoffwechsel der Pflanze auswirkt, insbesondere auf Photosynthese und Proteinherstellung.

Dieselben Fragen waren zu beantworten für Pflanzen, die eine Insertion im Akin10"=Gen haben, wobei hier zudem noch geprüft werden muss, ob die Insertion überhaupt vorhanden ist.

Zunächst wurde bei den Akin10"=Mutanten durch KO"=PCR überprüft, ob im entsprechenden Gen überhaupt eine Insertion vorlag. Danach musste noch bestimmt werden, ob trotz dieser Insertion das Akin10"=Gen noch exprimiert wird, etwa, weil die Insertion zu weit hinten im Gen liegt. Dazu wurde sowohl von Wildtyppflanzen als auch von Akin10"=Mutanten RNA isoliert und in cDNA umgeschrieben. Nachdem mittels Aktinangleich beider Proben das Mengenverhältnis bestimmt worden war, das nötig ist, um in zwei Proben mit identischem Volumen auch gleich viel cDNA zu haben, wurde dann eine RT"=PCR durchgeführt, um die Expressionsrate des Akin"=Gens zu bestimmen.

Um Auswirkungen auf Photosynthese und Proteinherstellung zu messen, wurden mehrere Pflanzen für eine Stunde unter Lichtstress gesetzt. Sowohl für die Mutanten (Akin10 und tpt) als auch für die Wildtyppflanzen gab es Kontrollpflanzen, die nicht unter Stress standen. Von beiden wurde nach einer Stunde Pflanzenmaterial entnommen und sowohl der Protein"= als auch der Chlorophyllgehalt gemessen. Für die Wildtyppflanzen fand zusätzlich eine Messung nach 30 Minuten statt.
\end{document}
Die Anleitung zu babel (http://ctan.org/pkg/babel) gibt nähere Auskunft zu den entsprechenden shorthands.


Thorsten

[rstuby]

Nochmal zu Word:

Naja, die riesigen weißen Wortabstände werden aber meistens anstandslos von jedem Dozenten, der nicht aus der Informatik oder Physik kommt, akzeptiert - die Latexlösung mit zu langen Zeilen leider nicht.

Was dann ein Fall für \sloppypar ist. Wenn man ganz auf das Aussehen pfeift, kann man auch global \sloppy setzen. Das heißt so viel wie "schlampig". Das Gegenteil ist \fussy (pingelig).

[Viviane]

wie oben schon geschrieben dank euch läuft es ja jetzt.
Warum sollte ich da noch weiter dran herumpuzzlen.

[ctansearch]

Ich sehe zwei Rechtschreibfehler und ein Leerzeichen, die den Satz "verunstalten":

a. Expreßsionsrate
b. Lichtstreßs
c \ vor der Klammer bei Akin10

Auch viele andere "s wurden falsch geschrieben, was in der Summe vielleicht die Verschiebungen ausmachen könnte.

z.B. Lichtstre"ss statt Lichtstre"s

[localghost]

wie oben schon geschrieben dank euch läuft es ja jetzt.
Warum sollte ich da noch weiter dran herumpuzzlen.
Das verlangt doch niemand. Ist nur ein Wink für zukünftige Dokumente. Mein Beitrag hat sich auch mit den anderen überschnitten.

[Viviane]

Die Schreibfehler muss ich von Hand wieder rausholen, ich wollte ß durch "ss ersetzen, leider falsch herum.....