Füge die Optionen "format=plain" (damit die zweite Zeile nicht eingerückt wird) und "singlelinecheck=off (damit kurze Beschriftungen nicht automatisch zentriert werden) ein. Verwende außerdem \\ statt \newline, da \newline in speziell formatierten Absätzen Zicken machen kann.
Code:
\documentclass[]{scrreprt}
\usepackage{graphicx}
\usepackage[margin=10pt,font=small,labelfont=bf,labelsep=endash,%
format=plain,singlelinecheck=off]{caption}
\begin{document}
\begin{figure}
\includegraphics[]{portfolio.png}
\caption[Portfolio]{Portfolio\\\lbrack\cite[Vgl.][42]{Mustermann2010}\rbrack}
\end{figure}
\end{document}
(Für die erweiterte Version von \cite fehlt noch das passende Paket.)
Liebe Grüße,
Axel
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