Die Bilder zu extrahieren ist so schwer nicht:

\documentclass{article}
\usepackage[active,tightpage]{preview}
\usepackage{graphicx,tikz}
\PreviewEnvironment{tikzpicture}
\PreviewMacro[*[[!]{\includegraphics}
\begin{document}
abc

\begin{tikzpicture}
\draw[->,red] (0,0)--(1,0)--(1,1);
\end{tikzpicture}


\includegraphics[width=4cm]{tiger}
\end{document}
Aber das Zerlegen der pdf und die Benennung der einzelnen Bilder musst du dann mit irgendwas anderem machen. Falls es dir reicht, dass die Nummern direkt auf den Bildern sind, kannst du es mal mit \PreviewSnarfEnvironment{figure} versuchen.

Ich würde aber zuerst einmal den Betreuer fragen, ob ihm klar ist, dass diverse Bilder gar nicht direkt vorliegen. Und dass Nummerierungen sich schnell ändern können.

Btw: Das "saubere" Ausschneiden eines Bildes aus einer pdf-Seite ist i.A. gar nicht möglich. Meist wird dabei nur der umgebende Text ausgeblendet ist aber noch im Code vorhanden.