Mit Deinem Code werden nur für nummerierte Kapitel und nummerierte Abschnitte Kopfzeileneinträge erstellt. Bei der Ausgabe des Inhaltsverzeichnises wird deshalb gar kein Eintrag erzeugt, weshalb auch keiner angezeigt werden kann. Verwende statt dessen die Option automark oder den Befehl \automark[section]{chapter}.
Code:
\documentclass[twoside,open=right,12pt,numbers=noenddot,bibliography=totoc,listof=totoc]{scrreprt}
\usepackage[english, ngerman]{babel}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{lmodern}
\usepackage[inner=4cm,outer=2.5cm, bottom=4cm]{geometry}
% ----------------------------
\usepackage[automark]{scrpage2}
\setheadsepline{0.5pt}
\pagestyle{scrheadings}
% ----------------------------
\usepackage{blindtext}%für Fülltext
\begin{document}
\pagenumbering{roman}
\tableofcontents
\cleardoublepage
\pagenumbering{arabic}
\blinddocument\blinddocument\blinddocument\blinddocument\blinddocument
\blinddocument\blinddocument\blinddocument\blinddocument\blinddocument
\blinddocument\blinddocument\blinddocument\blinddocument\blinddocument
\end{document}
Wenn Du jetzt ein neues Dokument erstellst, dann wäre es auch sinnvoll, gleich das aktuelle Paket scrlayer-scrpage zu verwenden.
Code:
\documentclass[twoside,open=right,12pt,numbers=noenddot,bibliography=totoc,listof=totoc]{scrreprt}
\usepackage[english, ngerman]{babel}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{lmodern}
\usepackage[inner=4cm,outer=2.5cm, bottom=4cm]{geometry}
% ----------------------------
\usepackage[automark,headsepline=.5pt]{scrlayer-scrpage}
% ----------------------------
\usepackage{blindtext}%für Fülltext
\begin{document}
\pagenumbering{roman}
\tableofcontents
\cleardoublepage
\pagenumbering{arabic}
\blinddocument\blinddocument\blinddocument\blinddocument\blinddocument
\blinddocument\blinddocument\blinddocument\blinddocument\blinddocument
\blinddocument\blinddocument\blinddocument\blinddocument\blinddocument
\end{document}
\pagenumbering setzt übrigens den Seitenzähler automatisch auf 1 zurück. Vielleicht ist auch der der Unterschied zwischen \newpage und \clearpage von Interesse.
Gruß
Elke
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